เมื่อการขนส่งทางบกได้มีการวิวัฒนาการและขยายตัวขึ้นเรื่อย ๆ ตามความเจริญของบ้านเมืองทางราชการจึงได้ตั้งหน่วยงานขึ้นควบคุมดูแล ให้เป็นระเบียบเรียบร้อยโดยพระบาทสมเด็จพระมงกุฎ-เกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 6 ได้โปรดเกล้าฯให้ตั้งกระทรวงคมนาคมขึ้น ในปีพ.ศ.2425 และให้รวมหน้าที่เกี่ยวกับการขนส่งทางรถไฟ การขนส่งทางบก การขนส่งทางน้ำ และการสื่อสารข่าว มารวมไว้ในกระทรวงคมนาคม อย่างไรก็ตาม กิจการด้านขนส่งทางบกก็ยังไม่มีหน่วยงานที่มีหน้าที่รับผิดชอบ โดยตรงแม้แต่พระราชบัญญัติจัดตั้งกระทรวงและกรม พ.ศ. 2476 ก็มิได้กำหนดให้มีหน่วยงาน ที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการขนส่งทางบกโดยตรงอีกเช่นกัน จนกระทั่งในปลายปี พ.ศ.2476 จึงได้มีพระราชบัญญัติว่าด้วยระเบียบราชการ บริหารแห่งราชอาณาจักรสยาม พ.ศ.2476(ประกาศในราชกิจจานุเบกษา ลงวันที่ 9 ธันวาคม 2476 ) กำหนดให้มีกรมการขนส่งขึ้น ในกระทรวงเศรษฐการ ซึ่งมีหน้าที่เกี่ยวกับการเศรษฐกิจแห่งชาติ รวมทั้งหน้าที่ในราชการ ส่วน คมนาคมด้วย แต่ก็ยังไม่มี
หน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการขนส่งทางบกเพราะตามพระราชกฤษฎีกาจัดวางระเบียบราชการสำนักงานและกรมในกระทรวงเศรษฐการ พ.ศ. 2476 ได้กำหนดส่วนราชการของกรมการขนส่งไว้เพียง 2 กอง คือ สำนักงานเลขานุการกรม และกองการบินพลเรือน ทั้งนี้ เพื่อเป็นการขยาย กิจการบินพาณิชย์ของประเทศ จวบจน กระทั่งวันที่ 11 สิงหาคม 2484 รัฐบาลในสมัยนั้นซึ่งมี ฯพณฯจอมพลแปลก พิบูลสงคราม เป็นนายกรัฐมนตรี ได้ประกาศใช้พระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2484 สถาปนา"กรมการขนส่ง" ขึ้นเป็นส่วนราชการระดับกรมสังกัดกระทรวงคมนาคม โดยมีที่ทำการรวมอยู่ใน กระทรวงคมนาคม ณ ตำบลท่าช้างวังหน้า อำเภอพระนคร (ที่ตั้งโรงละครแห่งชาติในปัจจุบัน)
งานที่กรมการขนส่งได้รับมอบหมายให้ดำเนินการในโอกาสแรกก็คือ งานเกี่ยวกับการขนส่งทางอากาศโดยที่งานดังกล่าวนี้ เดิมเป็นงานที่อยู่ในอำนาจและหน้าที่ของกองบินพาณิชย์สำนักงานปลัดกระทรวง-เศรษฐการ กรมการขนส่งในสมัยนั้นได้รับโอนมาโดยบทบัญญัติแห่งพระราชบัญญัติโอนอำนาจหน้าที่เกี่ยวกับราชการของกระทรวงหรือกรม ซึ่งได้มีการเปลี่ยนแปลงแก้ไขปรับปรุงขึ้นใหม่ในปี พ.ศ. 2484 อย่างไรก็ดีจากผลของสงครามมหาเอเซียบูรพา หรือสงครามโลกครั้งที่ 2 ทำให้การวางเค้าโครงเกี่ยวกับอำนาจและหน้าที่จะพึงมีเพื่อตราพระราชกฤษฎีกาจัดวางระเบียบราชการในกรมการขนส่งต้องประสบอุปสรรคและล่าช้าไปมาก ทั้งนี้เนื่องจากประเทศไทยมีส่วนได้รับความกระทบกระเทือนจากภัยของสงครามครั้งนี้ด้วย ซึ่งในที่สุด ได้มีการพิจารณาอย่างละเอียดรอบครอบแล้ว ฯพณฯจอมพลแปลกพิบูลสงครามนายกรัฐมนตรี ในสมัยนั้นได้มีบันทึกสั่งการ กำหนดโครงร่างส่วนราชการไว้ในรูปของกองให้มีหน้าที่โดยตรง เกี่ยวกับ การขนส่งของประเทศรวม 3 ทางคือ
1. กองขนส่งทางบก ทำการควบคุมการขนส่งทางบกทุกประเภท เว้นรถไฟและการเดินรถประจำทาง
2. กองขนส่งทางน้ำ ทำการควบคุมการขนส่งทางน้ำรวมทั้งทางทะเลด้วยและเอาการเดินเรือทะเล มาอยู่ในกองนี้รวมบริษัทเดินเรือไทยไว้ด้วย
3. กองขนส่งทางอากาศ ทำการควบคุมการขนส่งทางอากาศทั้งในและนอกประเทศ
หลังจากนั้นประมาณ 19 วันก็ได้มีประกาศใช้พระราชกฤษฎีกา จัดวางระเบียบราชการในกรมการขนส่ง เมื่อวันที่ 28 กุมภาพันธ์ 2485 โดยแบ่งส่วนราชการเป็นดังนี้
1. สำนักงานเลขานุการกรม แบ่งเป็น 3 แผนก คือ แผนกสารบรรณ แผนกสนเทศและสถิติ และแผนกแบบแผนและก่อสร้าง
2. กองขนส่งทางบก แบ่งเป็น 3 แผนก คือแผนกทะเบียนและอนุญาต แผนกควบคุมพาหนะทางบก แผนกควบคุมการขนส่งประจำทาง
3. กองขนส่งทางน้ำ แบ่งเป็น 3 แผนก คือแผนกทะเบียนและอนุญาต แผนกควบคุมยานพาหนะ ทางน้ำ แผนกควบคุมบริษัทขนส่งทางน้ำภายในและภายนอกประเทศ
4. กองขนส่งทางอากาศ แบ่งออกเป็น 2 แผนก คือแผนกทะเบียนและอนุญาต แผนกควบคุม การเดินอากาศ
ต่อมาพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการกรมการขนส่งฉบับปีพ.ศ.2485 ได้ถูกยกเลิกพระราชกฤษฎีกาฉบับปีพ.ศ.2491 โดยแบ่งส่วนราชการกรมการขนส่งเสียใหม่ ดังต่อไปนี้
1. สำนักงานเลขานุการกรม
2. กองขนส่งทางบกและทางน้ำ
3. สำนักงานการบินพลเรือน
4. สำนักงานท่าเรือกรุงเทพฯ
และต่อมาพระราชกฤษฎีกาฉบับปี พ.ศ. 2491ได้ถูกยกเลิกไปอีกโดยพระราชกฤษฎีกาปี พ.ศ. 2495 โดยแบ่งส่วนราชการกรมการขนส่งเสียใหม่ดังต่อไปนี้
1. สำนักงานเลขานุการกรม
2. กองขนส่งทางบก
3. กองขนส่งทางน้ำ
4. สำนักงานการบินพลเรือน
กฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมการขนส่งทางบก กระทรวงคมนาคม พ.ศ. ๒๕๕๘
กฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมการขนส่งทางบก กระทรวงคมนาคม พ.ศ. ๒๕๕๒
ปรับปรุงล่าสุด 25 พฤศจิกายน 2558